Chegando em 2001, o VW Polo 9N, ou Polo IV, rompeu com as versões anteriores. Mais imponente, é o maior de sua categoria. Esteticamente, é reconhecível pela sua grelha equipada com quatro óticas redondas, que empresta da sua irmã mais nova, a Lupo. Está disponível em 2 carrocerias, 3 ou 5 portas, são oferecidos quatro níveis de acabamento, desde a versão básica (Polo) até a versão de luxo (Carat) passando por uma versão crossover (Dune) que permanecerá muito pouco tempo de catálogo. Muito mais caro que seus concorrentes, o Polo foi revisado em 2003, não para evoluir, mas para cair no mercado e oferecer preços de venda mais acessíveis. Os materiais perdem qualidade e a versão em quilates é retirada do catálogo. No entanto, notamos a chegada de uma versão Polo Sport, equipada com o motor 1.9l TDi 130 e acabamentos equivalentes ao que era feito na versão de luxo. O verdadeiro Polo 9N de segunda geração só chegou no final de 2005. Identificado pela nova grade, que não usa mais óticas arredondadas, e pelas lanternas traseiras mais modernas, harmoniza-se com o novo estilo da marca. Este polo 9N3 fica marcado pela chegada de uma versão GTI, entre os 7 acabamentos disponíveis. Esta versão está equipada com um motor 1.8 Turbo a gasolina de 150cv. Após 8 anos de comercialização, foi finalmente substituído pelo Polo V em 2009.